冒險的舞台是以人與寶可夢共存的城市為目標，推動都市再開發的「密阿雷市」。
與在2013年發售的《寶可夢 X》《寶可夢 Y》中登場的「密阿雷市」相比，城市裡的花草樹木更多，還能見到充滿最新科技氣息的設備。
因旅行而造訪密阿雷市的主角，將入住名為「旅館Z」的老舊旅館。以這個地方做為據點，與在密阿雷市相遇的夥伴們一起挑戰城市裡發生的各種大小事與事件。
在大企業闊星公司推動都市再開發的密阿雷市裡，存在著為了實現和寶可夢共存而打造的「野生特區」。野生寶可夢們棲息在這個由最新技術整備的區域中，在這裡可以與牠們對戰或是投擲精靈球捕捉牠們。
若是棲息在「野生特區」或密阿雷市裡的野生寶可夢，瞄準目標後投出精靈球就能捕捉牠們。只要進入精靈球的寶可夢沒有從裡面跑出來，就是成功了。
對於一察覺到氣息就會立刻逃走的寶可夢，如果躲在暗處或是從背後靠近牠，就比較不容易被發現。此外，先透過對戰去削減寶可夢的體力，便能更容易捕捉牠們。
在密阿雷市，一到夜晚城市裡就會出現以最新技術紅色全像投影所環繞住的「對戰特區」。
特區內每天都會舉辦「ZA登峰戰」，從日落到黎明都有訓練家們在這裡以寶可夢對戰一較高下。
「ZA登峰戰」是實力獲得認可的訓練家才能受邀參加的戰鬥，以此決定出最強的寶可夢訓練家。這個大賽的參賽者會被賦予從Z到A的各個「級別」。所有的參賽者皆從Z級開始，透過在寶可夢對戰中贏過其他參賽者，朝升級邁進。到達A級後，將被賦予最強的稱號和名譽，並且能夠實現一個願望。寶可夢對戰的實力得到認可的主角，將與同為ZA登峰戰參賽者的蓋伊或塔霓一同投身這場激烈的戰鬥。
※依照玩家在遊戲開始時選擇的主角外觀，分別會有蓋伊或塔霓登場。
想要提升在ZA登峰戰的級別，就必須挑戰「升級戰」並取得勝利。在「升級戰」中，主角將與同樣力爭升級的強勁訓練家1對1對戰。務必好好培育寶可夢們之後再行挑戰。
《寶可夢傳說 Z-A》的戰鬥不同於以往《寶可夢》系列裡1回合行動1次的模式，寶可夢會和訓練家一起移動，並同時根據訓練家的指示使出招式。
除了屬性相剋之外，增添了替換寶可夢和選擇招式的時機、招式的可達範圍以及出招速度等新的遊戲要素，可以享受前所未有的寶可夢對戰也是本作的一大樂趣。
在密阿雷市，不時能見到超越進化的進化――「超級進化」。如何純熟運用「超級進化」，很可能成為掌握勝負的關鍵。
「超級進化」是超越了進化的極限後更高境界的進化，僅有部分寶可夢能超級進化。
透過暫時釋放寶可夢潛藏的力量，達到比一般進化更上一層的力量提升。「超級進化」後的寶可夢外觀會改變，在那之中甚至還有屬性會改變的寶可夢。
當訓練家與寶可夢之間有強烈的牽絆時，訓練家配戴在身上的「鑰石」與寶可夢攜帶的「超級石」產生共鳴，就能進行「超級進化」。
主角身上配戴著崁入了「鑰石」的「超級環」。似乎也有訓練家會以不同的形式將「鑰石」配戴在身上。
來到密阿雷市旅行的主角，經歷某件事後，將讓寶可夢成為夥伴一起冒險，成為寶可夢訓練家。在「菊草葉」、「暖暖豬」和「小鋸鱷」這3隻寶可夢當中，你要選擇哪一隻一起出發去冒險呢？
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