女神異聞錄 3 Reload》是 2006 年在 PS2 初次登場的《女神異聞錄 3》首次全面翻新重製的版本，將以符合當下主流的最新畫面與系統全面翻新，讓玩家重新體驗奠定近代《女神異聞錄》系列風格的經典樂趣。
本作維持了原作的故事劇情與登場角色等遊戲基礎內容，同時針對遊戲操作性與圖像表現加以強化提升，以更加鮮明的方式描繪出「那份感動」，再次呈獻給玩家們。
少年主人公因某個理由，轉入位於港區港灣人工島的月光館學園高中部就讀。
在他入住學生宿舍幾天後，遭到了神祕怪物襲擊。在怪物襲擊之下，少年意外的使潛藏的心靈力量「人格面具」覺醒，並加入了由同樣擁有人格面具能力的人所組成的組織「特別課外活動部」（S.E.E.S.），和夥伴們一同面對世界發生的謎團。
每天結束之時，在進入淩晨零點的當下存在著空白的時間──「影時間」。在那之中有著名為「陰影」的神祕怪物存在。
被怪物襲擊而陷入精神異常狀態的人──「陰影人」，正在不斷增加。
為了追查謎團、討伐陰影，特別課外活動部面臨了一次又一次的戰鬥。
究竟最後等待著他們的會是什麼樣的命運……
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