遊戲包含兩個篇章【前篇：碧之假面】跟【後篇：藍之圓盤】。
在「前篇：碧之假面」中，主角會被選為學院每年與他校共同舉辦的「夏令營」的成員，前往「北上鄉」。北上鄉高山聳立，山腳一帶則是人們的生活起居之地，有著農田、蘋果園等有別於帕底亞地區的恬靜自然風景。另外，北上鄉的村子每到這個時期都會舉辦慶典，似乎還會有五花八門的攤位，氣氛相當熱鬧。主角將與全新的夥伴、寶可夢相遇，並與他們一同解開北上鄉自古相傳至今的傳說真相。
擴充內容新增【打鬼祭】的遊玩方式。
「打鬼祭」是北上鄉自古流傳下來的遊戲活動。玩法是騎上寶可夢，撞破被稱為鬼氣球的氣球來收集樹果，並將樹果運到樹果台。作為過關報酬，有時可以獲得能提高寶可夢基礎點數的「麻糬」，或是能讓基礎點數全部消失的「淨空糬」。
透過網路通訊(NSO)或鄰近主機通訊，最多可以4人一起多人遊玩。看是要分頭去撞破遠處的氣球，或是由某人負責趕走會吃掉樹果的貪吃的寶可夢。
在「後篇：藍之圓盤」中，主角將會留學到學院的姊妹校「藍莓學園」當交換學生。有別於歷史悠久的學院，藍莓學園是近年新設立的學校，特別致力於寶可夢對戰的教育。
在位於帕底亞地區中央的帕底亞巨坑「第零區」裡面，似乎有還沒被發現的地方。在「後篇：藍之圓盤」的冒險旅途中，將會回到帕底亞地區，並造訪這個場所。解謎「零之秘寶」究竟是什麼？而太樂巴戈斯又蘊藏著什麼樣的力量？
更詳細介紹來看看影片八~
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