穿過鏡子，來到不可思議的國度 ——
白界的天空總是蒙著白色的雲層，高中二年級的主角「愛日梨」在這裡過著平靜的日子，某個放學後的雨天，她遇到了一名青年。沒撐傘佇立在雨中的青年對愛日梨說：「我來接妳了。」她覺得對方很可疑，於是轉身就逃，卻還是被抓住。愛日梨醒來後發現自己身在陌生的環境中，剛才那名青年自稱「黑兔雷因」，並告訴她 ——
「愛麗絲，妳今後要成為這個世界的女王。」
黑界的天空總是一片純淨的蔚藍，另一名主角「露娜」擔任女王統治著這個國度，某天卻突然發生政變。貼身侍衛黑兔雷因和白兔斯諾眼看情況不樂觀，開始執行祕密計畫 ——「讓女王去白界避難，換新的儲備女王過來」。
於是露娜就被帶往白界，而愛日梨則被帶到黑界。兩名少女交換身分，一步步揭開兩個世界背後的祕密 ——
前作【白與黑的愛麗絲】的白色結局與黑色結局之後的後續故事，兩人克服困難後，成為戀人。
盡管他們擔心、戰鬥，但他們在自己的世界裡過著平靜的日子。然後，他們根據某個事件，想像自己的未來，兩人攜手走向無比甜蜜幸福的未來。
同時也將搭配雙封面(正面、背面皆有印刷)的形式，讓玩家可以自由更換自己最喜愛的設計式樣。
