主角是為了尋找糧食資源而展開宇宙之旅的調查隊，阿爾福、布莉特妮和查理3個人。在某行星著陸的他們，在那裡遇到名為「皮克敏」細小而不可思議生物並借助它們的力量，為了把這個行星上的水果的種子帶回故鄉，展開了探索。
支援Nintendo Switch獨有的分享遊玩功能，可以進行2人遊玩。
【玩法】
從地面拔出皮克敏們，就會跟著主角的後面。投擲皮克敏們，可以搬運如水果一樣的巨大物品，收集碎片築成橋等，皮克敏們會在所投擲的地方認真工作，從而開拓出路。
探索行星的途中，有時會遇到兇惡的原生生物。這時候皮克敏們會合力地勇敢作戰。但是，一隻的話很弱，有可能會被吃掉。
【皮克敏3 豪華版】是收錄了所有Wii U版上發布的新增任務等付費新增內容，更收錄舊作的主角，歐利瑪們的番外故事任務。另外，新增可了解登場原生生物們詳細生態的「原生生物圖鑑」和根據遊戲達成度而獲得的「晉級徽章」等，內容非常豪華。
另外，新增提示的功能，在探索裡不知如何前進時，會出現引導你到下一個目的地的箭頭；使用鎖定的功能，投擲皮克敏時可更容易瞄準，更容易遊玩；可選擇符合自己的難易度來玩等等，初次遊玩皮克敏的人也可以享受樂趣。
