廣大的海拉魯各地出現了不明裂縫，並且引發將人與物體吞沒的「神隱」現象。劍士林克也因遭到神隱而失去蹤跡。
倖存的薩爾達公主遇見了妖精「托力」，並從他那裡得到不可思議的魔杖「托力之杖」，為了拯救人民與林克，薩爾達公主與托力攜手踏上了海拉魯巡迴之旅。
薩爾達公主可藉由托力之杖的力量使出「複製」之力，以此複製海拉魯中各式各樣的物品，例如桌子、木箱、床等等。
任何東西只要複製過一次，隨時隨地都能再現。舉例來說，只要做出一張桌子來製造高低差，就能跳過擋住去路的懸崖。
與海拉魯中的怪物戰鬥時，也能活用複製的力量。不僅可以複製出石頭之類的東西扔向敵人進行攻擊，還能複製出怪物，讓他們代替薩爾達公主戰鬥。
由於必須依照狀況與屬性選擇適合的怪物，在戰鬥中如何活用智慧制定戰略就成了關鍵所在。除了戰鬥之外，還可以借助飛行怪物的力量進行空中滑翔、使用炎系怪物燃燒草木等等，為薩爾達公主的冒險提供各式各樣的支援。
複製品的種類繁多，面對阻擋前路的謎題和魔物，要使用哪種複製品以及如何使用，全都交由玩家作主。不同的選擇與判斷會產生不一樣的攻略方式，這就是《智慧的再現》要呈現給大家的冒險。
