故事舞台在日本東京。
身為祕密組織探員的主角與未知生物「數碼寶貝」邂逅，被捲進了神祕爆炸。
等主角回過神來時，發現世界已回溯至8年前──
本作中，「過去與未來」、「人類世界與異世界」、「人類與數碼寶貝」──兩種截然不同的要素，交織成羈絆、糾葛的壯闊故事，等您體驗。
本作有2個世界：人類世界與數碼寶貝居住的異世界「數碼世界·伊利亞斯」。玩家能在故事中穿梭不同世界，體驗活用各個世界特性的機制與委託。數碼世界則使用了過往數碼寶貝遊戲所沒有的細膩表現手法來呈現，而且會有多個深具特色的地圖登場。
數碼寶貝對玩家而言是對等的夥伴。在你們挺身面對困難時，你與數碼寶貝的羈絆會受到考驗。
在冒險中將數碼寶貝收納為夥伴，透過進化、退化、自訂，培育出自己專屬的數碼寶貝吧。本作網羅了系列熟悉的數碼寶貝與在遊戲初次登場的數碼寶貝，請您享受與形形色色的數碼寶貝的邂逅。
