《薩爾達無雙 封印戰記》的故事與《薩爾達傳說 王國之淚》的故事緊密關聯，描繪了過往的世界裡太古的封印戰爭，不為人知的故事終於揭秘。
你將回到海拉魯王國剛剛成立的過去，透過薩爾達公主的視角，回到海拉魯王國剛剛成立的過去，與海拉魯王國初代國王勞魯和初代王后索尼婭等人共同抵禦加儂多夫的侵略。
薩爾達穿越時空後遇到的是海拉魯最初的國王勞魯與王妃索尼婭，為了對抗魔王加儂多夫的野心，薩爾達投身被後人稱為「封印戰爭」的戰役，並與夥伴正面迎戰無數大軍。夥伴當中包括克洛格！你會掌握每位夥伴的能力，按戰況切換人選相當重要！
玩家可以透過分割畫面享受雙人遊玩，而透過「遊戲分享」 只要有一份軟體，就可以在各自的畫面遊玩。
