主人公是一名高中生少年。某天在一個神祕的夢境之中，被追問是否願意解救一名被封印的少女。
根據做出的選擇，故事將會出現兩項分歧。
亦是《真‧女神轉生 V》中所描述的故事，主人公被捲入天使與惡魔的戰爭，賭上世界的未來而投身戰場。
主人公會與在化為沙漠的東京裡相遇的少女，一同挑戰世界之謎，以及面對來自過去遭受迫害者們的復仇。
本作裡除了既有的惡魔之外，還加入了由角色設計師土居政之所全新繪製的惡魔，
以及從過去作品中重新加入的惡魔等，總共會有270名惡魔登場！
此外，一般區域的探索、惡魔對話、戰鬥、成長要素、
以及新的惡魔體驗等，《真．女神轉生Ⅴ》中的各方面系統都做出了細緻的調整以及新增全新元素！
